Brama Będkowska to doskonały przykład bramy skalnej powstałej w związku z tektoniką, krasem, ruchami masowymi oraz zróżnicowaniem litologicznym osadów górnej jury (dlatego znalazła się na
Małopolskim Szlaku Geoturystycznym). Najistotniejszy czynnik to jednak nierównomierna erozja boczna, zachodząca na zboczu wąwozu, która spowodowana jest ograniczonym dopływem wody z zaplecza. Proces ten związany jest głównie z rozpuszczaniem skał wapiennych wzdłuż powierzchni spękań ciosowych oraz z rozwojem krasu powierzchniowego. Na zapleczu Bramy Będkowskiej znajduje się rozległy, uszczelinowiony masyw skalny, który stanowi główne źródło wody, zasilającej dolinę. Jest ona transportowana w masywie poprzez system spękań ciosowych i szczelin. Z czasem uformowały się w nim uprzywilejowane drogi transportu, omijające obszary z mniejszą erozją boczną (ujścia dolin). W wyniku dalszych procesów erozyjnych miejsca takie stają się coraz bardziej izolowane, a ilość wód dostarczanych z masywu skalnego, znajdującego się na zapleczu, stopniowo zmniejsza się, co prowadzi do utrwalenia się bram skalnych. W końcowej fazie działają już tylko procesy krasowe, poszerzające szczeliny ciosowe oraz następuje oberwanie fragmentów skał.